細胞内寄生菌は、人間に感染すると、人間の細胞内に寄生して、免疫応答から逃れようとします。そのため、これらの菌に対する防御には、細胞性免疫が重要です。
細胞内寄生する菌についてまとめました。
（資料によりobligateかfaculativeが違うものもあったので、大目に見てください。）
偏性細胞内寄生体（obligate intracellular organisms）
・クラミジア Chlamydia spp.
・らい菌 Mycobacterium leprae
・コクシエラ Coxiella burnetii
・リケッチア Rickettsia spp.
・エーリキア Ehrlichia spp.
・アナプラズマ Anaplasma spp.
・ニューモシスチス Pneumocystis jirovecii
・ウイルス全部
通性細胞内寄生体（faculative intracellular organisms）
・リステリア Listeria monocytogenes
・レジオネラ Legionella pneumophila
・結核菌・他の抗酸菌 Mycobacterium tuberculosis and other species
・サルモネラ Salmonella Typhi and other species
・ナイセリア Neisseria spp.
・バルトネラ Bartonella henselae
・ノカルジア Nocardia spp.
・ロドコッカス Rhodococcus equi
・赤痢菌 Shigella spp.
・大腸菌の一部 Escherichia coli
・ペスト菌 Yersinia pestis
・野兎病 Francisella tularensis
・ヒストプラズマ Histoplasma capsulatum
・クリプトコッカス Cryptococcus neoformans
・トキソプラズマ Toxoplasma gondii
・マラリア原虫 Plasmodium spp.
